麦冬首要病害是黑斑病，旱季发病严峻。防治办法：选用强健无病植株做种株，栽前用1:1:100波尔多液浸5分钟；旱季及时排除积水，降低田间湿度；发病初期，在清晨露珠未干时每亩撒草木灰100公斤；发病期间，喷洒1:1:100波尔多液或65%代森锌500倍液，每10天1次，接连3-4次。
麦冬首要虫害是根结线虫。防治办法：实与禾本科作物轮作，前作或间作物不选甘薯、豆角、马铃薯等根性蔬菜；结合整地每亩施20%甲基异硫磷乳剂或5%颗粒剂250-300克，做成毒土撒于畦沟内，翻入土中，可防治线虫。蛴螬在8-9月发生，用90%**200倍液喷杀即可。